Interferenz bezeichnet die gegenseitige Beeinflussung von verschiedenen Viren an ein und derselben Zelle.
Homologe Interferenz ist die gegenseitige Beeinflussung gleicher Viren an einer Zelle. Hierbei scheinen im Laufe der Infektion immer mehr defektive Viren zu entstehen, da bestimmte Zellenzyme (z.B. Polymerasen) immer rarer werden. Ob dies mit deletierten Genen oder Mutationen zusammenhängt, ist noch nicht ganz klar.
Andererseits haben einige Viren (z.B. wilde Röteln-Virusstämme) keinen Effekt bei Affennierenkulturen. Eine nachfolgende Infektion mit einem zytopathischen Virus (z.B. bei Röteln mit ECHOvirus Typ II) kann sich jedoch nicht etablieren, sprich es gibt kein CPE. Hierbei ist durch die Primärinfektion die Bildung von Interferon hervorgerufen worden, die den umliegenden Zellen Schutz verleiht.
Eine weitere Form von Interferenz kann durch die Konkurrenz verschiedener Viren um die gleichen Rezeptoren für eine Infektion verursacht werden.