Eigentlich die direkteste Form des Virusnachweises. Mit dem Transmissions-ELMI können auch aus native Proben nach Auftrag auf ein Objekträgernetz und Kontrastierung, Viren schnell bildlich dargestellt werden. Außerdem ist sie für einige Viren der einzige praktikable Nachweis, da andere Verfahren wie Kultur, Serologie u.a. nicht existieren.
Dem stehen aber auch einige Nachteile gegenüber.
Heute wird sie diagnostisch noch bei gastrointestinalen Virusinfektionen eingesetzt, da hier die Viruskonzentration normalerweise hoch genug ist (Rota, Corona, Parvo) und eine familienspezifische Diagnostik ausreicht. Bei Herpes und Pockenviren kann es ebenfalls gut eingesetzt werden.
Um die Sensitivität der Methode zu erhöhen, könne Viren durch spezifische Antikörper komplexiert werden, was größere Aggregate und damit ein leichteres Auffinder ermöglicht. Zugleich hat diese Methode den Vorteil, daß über hochspezifische Antikörper eine weitere Definition des Erregers erfolgen kann.